Kawasan kediaman khusus dahulunya adalah sebahagian daripada Hawthornden Estate, yang mengandungi ladang getah di tanah perlombongan sebelumnya. Ia telah dibangunkan untuk menjadi kawasan perumahan khusus untuk angkatan tentera pada tahun 1990. Ia dinamakan sempena Tun Hussein Onn, Perdana Menteri Malaysia Ketiga.

Projek pembangunan perumahan Desa Tun Hussein Onn membina 2,016 unit pangsapuri, kebanyakannya untuk pegawai pangkat yang lebih rendah, dan ini membantu dengan cara yang besar untuk memenuhi keperluan perumahan segera bagi angkatan bersenjata pada masa itu.